Tras estos acontecimientos geológicos, los mármoles quedaron expuestos a la acción del agua de lluvia, que se infiltró y circuló por las discontinuidades de la roca, disolviéndolas parcialmente. Este proceso, denominado karstificación, originó las cavidades principalmente a lo largo del Plioceno y Pleistoceno (desde hace unos 5 millones de años). Externamente, la karstificación está poco desarrollada, limitándose a pequeñas depresiones (dolinas) situadas en la parte alta de la sierra y a un lapiaz cubierto y poco desarrollado. Las formas kársticas subterráneas (endokársticas) principales componen la Cueva de Nerja. El resto son muy escasas y, en todo caso, nada comparables.

Los depósitos de carbonato cálcico, que dan lugar a los espeleotemas (estalagtitas, estalagmitas, columnas, tapizados, etc.), se han producido predominantemente durante los periodos cálidos del Cuaternario. Las edades obtenidas de los espeleotemas datan del Pleistoceno superior (principalmente entre 800.000 y 66.000 años).

Actualmente, se siguen desarrollando los procesos de karstificación. Las aguas de lluvia se infiltran y circulan subterráneamente con lentitud hacia las partes más bajas, donde en parte se acumulan y en parte salen de nuevo a la superficie. El área de afloramiento más importante es el manantial de Maro, situado al Este de la Cueva, que arroja un caudal medio de 168 litros por segundo.

La Cueva de Nerja está situada, en la actualidad, por encima del nivel freático, es decir, en la zona no saturada de agua, que se encuentra a pocos metros por debajo de las cavidades más profundas. Por ello, tan sólo está afectada en su interior por aguas de infiltración, que en su movimiento descendente originan goteos que permiten la continuidad del crecimiento de los espeleotemas.

La cueva de Nerja tiene también gran interés desde el punto de vista arqueológico y de la geología del Cuaternario reciente, pues contiene un registro sedimentario bastante completo, al menos desde el Paleolítico Superior, con abundantes restos de actividad antrópica.

Fuente: Departamento de Geología de la Universidad de Málaga.